天然药物化学研究中心由天然产物化学研究一室、天然产物化学研究二室、中药资源化学研究室和中药生物合成室组成，主要承担：1. 中草药、民族药以及微生物化学成分和生物活性研究；2. 天然产物的结构修饰及合成研究；3. 中药及其复方药效物质基础研究；4. 中药与天然药物分析方法与质量评价体系研究；5. 中药活性物质与天然药物合成生物学研究。