中药资源教育部工程研究中心依托北京协和医学院药用植物研究所，其建立极大地促进中药资源领域科研人员的产业化意识，加强科研成果转化能力，加速中药资源领域科技成果产业化、工程化，形成不断创新的可持续发展能力，推动中药行业技术进步。工程中心主要涵盖中药资源、中药栽培、中药生物技术、中药化学和中药药理等研究方向，建有国家化合物库、濒危药材繁育国家工程实验室、国家药用植物种质资源库、国家药用植物园及本草生态温室保育中心，现有固定人员65人，流动人员35人。工程中心现有30万以上大型仪器设备160台，均为药用植物研究所公共仪器，可供全所科研人员预约使用，在满足本所科研使用基础上，为其他科研院所、企业等提供对外服务。中药资源教育部工程研究心秉承“开放、流动联合竞争”的管理模式，实行主任负责制和岗位责任制，提倡院校内联合、所内联合和对外合作，全面培养和造就高层次研究人才，将具有重要市场价值的科技成果进行工程化研究和系统集成，以推动中药资源的可持续利用和保护。