药用植物标本馆为国内最大专业标本馆之一，成立于1983年，后于2003年并入中药鉴定中心。现有馆藏药用植物腊叶标本约8万份、药材标本2万余份，积累有4次全国中药普查的标本，重点收集《中华人民共和国药典》、《中药志》记载品种及其药材混淆品，其中重要药用植物科属如兰科、菊科、毛茛科、蔷薇科、伞形科、蓼科、唇形科及蕨类的标本，经由中国科学院植物研究所专家再次核定。

承担或参加项目，主要有国家科技部科技基础资源调查专项“一带一路”沿线国家传统草药品种本底整理及数据库建设；英国皇家植物园(KEW)合作建立中药材鉴定中心；第四次全国中药资源普查等。