2016年10月，习近平总书记在中国医学科学院建院60周年的贺信中做出了“把中国医学科学院建设成为我国医学科技创新体系的核心基地”的重要批示，药植所根据总书记批示和院校精神，制定了把药植所建成“药用植物科技创新体系核心”的发展目标。

2020年4月，为了更好地贯彻落实总书记批示精神，院校专门成立了“医学科技体系与核心基地建设办公室”（简称“体基办”）。为更好的配合院校工作，5月，经所长办公会讨论，成立“药用植物科技创新体系核心基地办公室”（简称“药植基地办”），专门负责推进药植所核心基地建设工作。药植基地办的设立，也是药植所解决巡视整改中发现的“缺乏长期发展规划，相关落实措施不全面”问题的措施之一。

药植基地办的具体职能包括：药植所总所与各分所、研究中心之间的沟通协调工作；药植论坛等学术会议的策划组织工作；药植所各科研基地、重点实验室及研究平台的管理；药植所科研数据管理和学术信息化建设。基地办实行所长负责制，挂靠在科研处。