1. 国家自然科学基金面上基金，“毛果杨miR1444a在酚类化合物及木质素产生过程中的作用研究”，2016-2019，项目负责人卢善发。

2. 国家重点研发计划，“林木次生生长的分子调控和环境胁迫机制”子课题“木质部分化过程中非编码RNA的功能及调控网络”，2016-2020，子课题负责人卢善发。

3. 中国医学科学院医学与健康科技创新工程，“本草基因组协同创新团队”，2016-2020，任务负责人卢善发。

4. 国家自然科学基金青年基金，“SmMYB3，SmMYB6和SmMYB109在丹参生物活性化合物生物合成中的调控作用研究”，2017-2019，项目负责人李彩丽。

5. 国家自然科学基金面上基金，“丹参特异miR12112在酚类化合物生物合成中的调控作用研究”，2018-2021，项目负责人卢善发。

6. 国家自然科学基金面上基金，“MADS-lncRNA天然反义转录本调控丹参开花的分子机制”，2019-2022，项目负责人王梅珍。

7. 中国医学科学院医学与健康科技创新工程，“四种类型稀有药用天然产物的生物合成研究”，2021-2025，项目参加人卢善发。

8. 中国医学科学院医学与健康科技创新工程，“植物来源的小RNA药效及作用机理研究”，2021-2025，项目参加人李彩丽。