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刘昶 研究员

生物信息中心副主任 

       研究员,中国医学科学院药用植物研究所生物信息中心副主任。 美国明尼苏达大学(双城校区) 动物病理专业博士,主攻方向为细胞生物学和基因组学;美国明尼苏达大学(双城校区)计算机专业硕士,获第二学位。曾任葛兰素史克制药公司北卡罗来纳处生物信息学部项目主管;香港大学李嘉诚医学院助理教授;全球中医药联盟执行委员会委员;曾赴耶鲁大学等高校担任访问学者、客座教授;担任多种国内外杂志编委、审稿人。 

      目前已发表SCI论文近30篇,包括Nature Communication、Science、PNAS等国际著名期刊。主持香港自然科学基金、人事部留学回国人员基金、协和学者特聘教授基金项目,并作为骨干成员承担科技部863计划(子课题)、教育部“长江学者和创新团队发展计划”创新团队项目等多项研究课题。在明尼苏达大学学习期间, 首先开展了对Cryptosporidum基因组进行抽样测序的研究工作,为最终完成两个Cryptosporidum亚种的整基因组测序工作奠定了基础;在葛兰素史克公司任职期间从事重大疾病靶标基因的鉴定及分离相关研究,并首先绘制人体相同调控表达的基因群图,论文发表在OMICS;近年来所从事药用真菌和药用植物基因组学研究,另一个方向研究以DNA条形码为核心的中药材物联网关键技术,相关工作在Science杂志上被引用和评论;并多次应邀在国际DNA条形码大会上发表研究报告。 

      主要研究方向包括:

      (1)药用真菌和药用植物基因组学研究;

      (2)中药材物联网构建关键技术研究。详情内容请参见近期研究论文。 

      主要论文包括: 

      (1). Chen S*, Xu J*, Liu C*, Zhu Y, Nelson DR, Zhou S, Li C, Wang L, Guo X, Sun Y et al: Genome sequence of the model medicinal mushroom Ganoderma lucidum. Nat Commun 2012, 3:913.(*Contributed equally) 

      (2). Abrahamsen MS, Templeton TJ, Enomoto S, Abrahante JE, Zhu G, Lancto CA, Deng M, Liu C, Widmer G, Tzipori S et al: Complete genome sequence of the apicomplexan, Cryptosporidium parvum. Science 2004, 304(5669):441-445. 

     (3). Striepen B, White MW, Li C, Guerini MN, Malik SB, Logsdon JM, Jr., Liu C, Abrahamsen MS: Genetic complementation in apicomplexan parasites. Proc Natl Acad Sci U S A 2002, 99(9):6304-6309. 

     (4). Liu C, Li J, Wang L, Wu F, Huang L, Xu Y, Ye J, Xiao B, Meng F, Chen S et al: Analysis of tanshinone IIA induced cellular apoptosis in leukemia cells by genome-wide expression profiling. BMC Complement Altern Med 2012, 12(1):5. 

     (5). Liu C, Shi L, Xu X, Li H, Xing H, Liang D, Jiang K, Pang X, Song J, Chen S: DNA barcode goes two-dimensions: DNA QR code web server. PLoS One 2012, 7(5):e35146. 

     (6). Liu C, Shi L, Zhu Y, Chen H, Zhang J, Lin X, Guan X: CpGAVAS, an integrated web server for the annotation, visualization, analysis, and GenBank submission of completely sequenced chloroplast genome sequences. BMC Genomics 2012, 13(1):715.

     (7). Pang X*, Liu C*$, Shi L*, Liu R, Liang D, Li H, Cherny SS, Chen S$: Utility of the trnH-psbA Intergenic Spacer Region and Its Combinations as Plant DNA Barcodes: A Meta-Analysis. PLoS One 2012, 7(11):e48833. (*Contributed equally, $Corresponding author) 

     (8). Song J, Shi L, Li D, Sun Y, Niu Y, Chen Z, Luo H, Pang X, Sun Z, Liu C$ et al and Chen S$: Extensive pyrosequencing reveals frequent intra-genomic variations of internal transcribed spacer regions of nuclear ribosomal DNA. PLoS One 2012, 7(8):e43971. ($Corresponding author) 

     (9). Liu C, Liang D, Gao T, Pang X, Song J, Yao H, Han J, Liu Z, Guan X, Jiang K et al: PTIGS-IdIt, a system for species identification by DNA sequences of the psbA-trnH intergenic spacer region. BMC Bioinformatics 2011, 12 Suppl 13:S4. 

    (10). Chen S, Yao H, Han J, Liu C, Song J, Shi L, Zhu Y, Ma X, Gao T, Pang X et al: Validation of the ITS2 region as a novel DNA barcode for identifying medicinal plant species. PLoS One 2010, 5(1):e8613. 

    (11). Yao H*, Song J*, Liu C*, Luo K, Han J, Li Y, Pang X, Xu H, Zhu Y, Xiao P et al: Use of ITS2 region as the universal DNA barcode for plants and animals. PLoS One 2010, 5(10).(*Contributed equally)

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